新技术AnnoCNV成功应用于临床丨自然流产和染色体异常最新研究速递
2018.04.08

自然流产是妊娠早期疾病的常见并发症,主要发生在妊娠前20周,发生率约占临床妊娠的10%~15%。在孕早期,50%~60%的早期流产与细胞遗传学异常有关,包括非整倍体、单体、多倍体、性染色体异常和染色体嵌合等。因此,检测流产组织染色体异常情况对于分析流产原因,指导下次妊娠十分重要。


传统的,用于检测染色体异常方法如G显带核型分析,仅用于检测非整倍体及大于5M的结构改变,且需要细胞培养和准备位于分裂中期的细胞。染色体芯片分析(CMA)可检测大片段的和小片段(~100kb)的染色体异常,但是需要相对应的正常样本为对照。


安诺优达自主研发了一种新的基于低覆盖度的WGS生物信息分析方法——AnnoCNV,成功应用于临床流产组织染色体异常检测,与海淀妇幼保健院合作的文章“High resolution global chromosomal aberrations from spontaneous miscarriages revealed by low coverage whole genome sequencing.”于近期发表于European Journal of Obstetrics & Gynecology and Reproductive Biology



研究目的:使用新的NGS方法(AnnoCNV)对149例流产组织中染色体异常情况进行分析


研究结果:149例流产组织,分为两组:Group I,89例,有核型结果,回顾性研究;Group II,60例,无核型结果,前瞻性研究。


回顾性研究


1.常染色体非整倍体异常:38例阳性(A图),使用AnnoCNV新方法,检出37例;


1例未检出,核型结果为45,XY,rob(21;21),如下图B:


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2.性染色体非整倍性:10例45,X; 3例69,XXY,AnnoCNV全部检出。

其中,1例样本,AnnoCNV检测为46,X,+21,核型分析第一次误诊为 46,XY,第二次核型和NGS一致。


3.此外,AnnoCNV还检测出16个CNV,而核型未检出,大小为1M~13M,其中一些CNV和疾病相关,如下表:


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前瞻性研究


同时进行AnnoCNV分析和SNP array。


1.染色体非整倍性异常: 26例(26/60,41.1%),18例三体。6例45,X。AnnoCNV分析和SNP array结果一致。


2.15例CNV,AnnoCNV漏检1例。5例嵌合,AnnoCNV漏检1例。


检测69,XXY三倍体:之前基于NGS的研究,69,XXY和45,X容易混淆,新方法能有效区分这两种不同的核型,成功鉴定3例69,XXY,如下图所示:


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新方法能检测出45,X/46,XX 嵌合,与SNP arrary结果一致,如下图,依次为45,X、45,X[57%]/46,XX[43%]、45,X[40%]/46,XX[60%]。


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结果总结


1.本研究中至少1个染色体异常为64例,占42.95%,其中,40例为三倍体。

2.AnnoCNV分析方法不仅能够区分69,XXY和45,X,而且可检测45,X/46,XX嵌合。

3.使用新的方法还能检测一些和综合征相关CNVs,而这些CNVs通过核型分析不能检测到。


研究结论:该研究使用了一种新的基于WGS的生物信息学的方法,即AnnoCNV,进行流产组织染色体异常筛查,结果与SNP array一致。因此,AnnoCNV是一种有效的,经济的方法,成功用于临床染色体异常筛查。


安诺优达NGS染色体异常检测服务对产前胎儿、自然流产、成人/儿童进行高通量测序染色体异常检测,全面排查产前胎儿异常、自然流产、儿童/成人表型异常、成人不孕不育的遗传因素。本检测过程无需细胞培养,检出率与特异性均在99%以上。



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